药学部是集药学服务、科、教、研为一体的宿迁市临床重点专科和宿迁市医学重点学科，是国家药物不良反应监测哨点医院、国家临床合理用药示范基地、国家临床药师培训基地。目前，药学部有江苏省“333工程”培养对象1人，江苏省科协青年科技人才1人，宿迁市政府千人计划培养对象1人，宿迁市骨干人才1人，宿迁市青年医学人才2人；高级职称6人，高中级占比57%；硕士生19人，硕士在读17人。硕士生导师1人，临床药师带教师资3人。

药学部开展药品调配、药品静脉配置、处方前置审核、药学门诊、药学查房、用药咨询、药品不良反应、血药浓度监测、基因监测等药学服务。

2018年至今药学部承担科研课题18项，其中省第五期“333高层次人才培养工程”资助项目1项、省卫计委医学科研项目一项，省卫计委“六个一工程”资助项目2项，省科协青年科技人才托举工程资助项目1项。2018年至今药学部发表论文20余篇，其中SCI论文4篇，中文核心8篇，核心期刊8篇。